Placée sous la triple tutelle des ministères chargés de la Santé, de l'Agriculture, et de la Consommation, l'AFSSA constitue le nouvel outil national d'évaluation des risques sanitaires et nutritionnels des aliments. Elle est chargée de contribuer à assurer la sécurité dans le domaine de l'alimentation, depuis la production des matières premières jusqu'à la distribution au consommateur final. Dans ce cadre, elle doit notamment rendre des avis sur les procédés et conditions de production, de transformation, de stockage et de distribution des denrées alimentaires.

L'agence assure également des missions de recherche et d'appui technique nécessaires à l'élaboration , à l'application et à l'évaluation des mesures prises dans les domaines de la santé des animaux, du médicament vétérinaire et de leurs conséquences sur l'hygiène et la sécurité des aliments destinés à l'homme ou à l'animal.

En ce qui concerne les poissons, l'AFSSA intervient à travers plusieurs de ses 13 laboratoires : à Boulogne et à Paris en hygiène et qualité des produits, à Paris pour les toxines planctoniques (travail effectué en collaboration avec IFREMER), à Fougères pour le médicament, à Brest et à Maisons-Alfort en ce qui concerne les aspects sanitaires "santé animale".

Comme les autres laboratoires de l'AFSSA, l'AFSSA Brest et l'Unité d'Ichtyopathologie de l'AFSSA Alfort, réalisent leurs missions à travers des activités d'appui technique et de recherche finalisée.

Appui technique :
- Diagnostics spécialisés, dont analyses liées au Contrôle Sanitaire Officiel
- Travaux d'expertises financés par contrat : essais de médicaments et immunostimulants par exemple.
- Production et fourniture de réactifs de références: souches, sérums, lignées cellulaires.

Recherche :
Caractérisation des maladies nouvelles : identification de l'agent causal, compréhension des mécanismes pathogènes, épidémio-surveillance.
Mise au point de moyens de lutte et de prévention : traitement (étude de substances médicamenteuses), vaccination (mise au point de vaccins et de techniques vaccinales, connaissance du système immunitaire).