Plusieurs laboratoires du Muséum d’Histoire Naturelle interviennent dans les domaines de la conservation et de l’exploitation des espèces et des milieux aquatiques et de l’analyse de son contexte social

Travaux sur la biologie et la systématique des poissons

Le laboratoire de Physiologie générale et comparée du Muséum (associé au CNRS) développe des thèmes concernant la physiologie endocrinienne des poissons. L’anguille est le principal modèle expérimental utilisé.
Des recherches portent par ailleurs sur les effets de différents types de pollution sur la physiologie des poissons.
Le laboratoire d'Ichtyologie générale et appliquée a la charge de la conservation de la collection nationale de poissons;
800 000 spécimens sont conservés correspondant à 12 000 espèces sur les 24 000 actuellement connues. Le laboratoire développe aussi des recherches sur la systématique des poissons en faisant appel à des techniques complémentaires, anatomie, morphologie, physiologie et génétique (séquence de gènes et caryologie).

Travaux sur la conservation et la gestion des milieux

Mise en valeur agronomique et touristique des zones humides.
Plusieurs programmes de recherche engagés sous l'égide du Laboratoire d’Evolution des Ecosystèmes Modifiés portent sur l’écologie des zones humides dans plusieurs régions de France et à l'étranger.
Des recherches sont d'autre part en cours sur la biologie des gamètes et sur la fécondation chez les poissons (carpe,
silure, turbot, esturgeon) avec des applications à l'élevage et à la conservation des espèces.
Le laboratoire d'Ichtyologie générale et appliquée assure des recherches sur la biologie des poissons et la génétique des populations dans la zone Antartique en milieux extrêmes. Les recherches donnent lieu à des applications dans le domaine des pêches.